Tutoriel d'installation de JAGS

Windows - MacOS - Ubuntu - Fedora

Windows

Installation sous Windows

Windows binaries

  1. Rendez-vous sur cette page https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Windows/ et téléchargez la version correspondante à votre machine
  2. Exécutez l'installateur et suivez les étapes d'installation.

Installer JAGS avec RStudio

  1. Commencez par installer RStudio si ce n'est pas déjà fait (https://wiki.student.info.ucl.ac.be/Logiciels/RStudio)
  2. Dans la partie inférieure droite, sélectionnez l'onglet 'Packages', cliquez sur le bouton 'Install' et recherchez le paquets, puis installez-le rjags

  3. Pour vérifier que l'installation s'est bien déroulée, dans le terminal de RStudio tapez la commande library(rjags).

Mac OS

Installation sous Mac OS

Installer JAGS avec le terminal

  1. Dans un terminal, avec Homebrew d'installé (https://brew.sh/index_fr), tapez la commande brew install jags

Installer JAGS avec RStudio

  1. Commencez par installer RStudio si ce n'est pas déjà fait (https://wiki.student.info.ucl.ac.be/Logiciels/RStudio)
  2. Dans la partie inférieure droite, sélectionnez l'onglet 'Packages', cliquez sur le bouton 'Install' et recherchez le paquets, puis installez-le rjags



  3. Pour vérifier que l'installation s'est bien déroulée, dans le terminal de RStudio tapez la commande library(rjags). Si cela ne produit aucune erreur, c'est que l'installation s'est réalisée correctement

Ubuntu

Installation sous Ubuntu

Installer JAGS avec le terminal

  1. Dans un terminal, tapez la commande sudo apt update
  2. Exécutez ensuite la commande sudo apt install jags

Installer JAGS avec RStudio

  1. Commencez par installer RStudio si ce n'est pas déjà fait (https://wiki.student.info.ucl.ac.be/Logiciels/RStudio)
  2. Dans la partie inférieure droite, sélectionnez l'onglet 'Packages', cliquez sur le bouton 'Install' et recherchez le paquets rjags, puis installez-le



  3. Pour vérifier que l'installation s'est bien déroulée, dans le terminal de RStudio tapez la commande library(rjags). Si cela ne produit aucune erreur, c'est que l'installation s'est réalisée correctement

Fedora

Installation sous Fedora

Installer JAGS avec le terminal

  1. Dans un terminal, exécutez ces commandes 
    $ sudo dnf install automake
$ sudo dnf install lapack-devel
$ sudo dnf install mercurial
  2. Puis allez dans le répertoire ou vous voulez télécharger l'archve et entrez ces commandes : 
    $ wget https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Source/JAGS-4.3.0.tar.gz
$ tar xvfz JAGS-4.3.0.tar.gz
$ cd JAGS-4.3.0
$ sudo ./configure 
$ sudo make
$ sudo make install
  3. Vérifiez l'installation avec la commande jags dans le terminal.

Installer JAGS avec RStudio

  1. Commencez par installer RStudio si ce n'est pas déjà fait (https://wiki.student.info.ucl.ac.be/Logiciels/RStudio)
  2. Dans la partie inférieure droite, sélectionnez l'onglet 'Packages', cliquez sur le bouton 'Install' et recherchez le paquets rjags, puis installez-le



  3. Pour vérifier que l'installation s'est bien déroulée, dans le terminal de RStudio tapez la commande library(rjags). Si cela ne produit aucune erreur, c'est que l'installation s'est réalisée correctement

Troubleshooting

Note : Si les erreurs que vous avez rencontré ne sont pas reprises ici, concultez cette page : https://cran.curtin.edu.au/web/packages/rjags/INSTALL

Il est possible que vous ayez une de ces deux erreurs :

  1. configure: WARNING: pkg-config file for jags 4 unavailable
    • Ici il faut trouver un chemin vers le fichier jags.pc
    • Exécutez la commande 
      $ find /usr/local/  -name jags.pc
/usr/local/lib/pkgconfig/jags.pc    #exemple d'output
    • Copier le chemin et exécutez cette commande dans la console R, donc dans RStudio :
      > Sys.setenv("PKG_CONFIG_PATH"="/usr/local/lib/pkgconfig") (remplacez /usr/local/lib/pkgconfig par le chemin vers le répertoire de votre fichier jags.pc)
    • Installez à présent rjags : > install.packages("rjags") (dans RStudio).
  2. configure: error: Runtime link error
    • Il peut y avoir plusieurs méthodes, la manière la plus simple est d'ajouter l'option --enable-rpath à l'installation de rjags : > install.packages("rjags", configure.args="--enable-rpath")

Si ça ne marche toujours pas, consultez ce site https://cran.curtin.edu.au/web/packages/rjags/INSTALL